Historien om Lindenborg kan føres tilbage til 1367 – dengang hed det Næs. Den nuværende hovedbygning er opført i perioden 1583-1616 og har kun gennemgået ganske få ændringer siden da.
Efter en del skiftende ejere købte den 38-årige dynamiske købmand, Heinrich Carl Schimmelmann, Lindenborg i 1762. Samme år skaffede han regeringen store lån og blev på baggrund af dette optaget som medlem af overskattedirektionen. Han fik senere titel af skatmester og ledede statens finanser til sin død i 1782. I 1770 blev Heinrich Carl Schimmelmann ophøjet til grevestanden, og ved sin død efterlod han sig en meget stor formue samt omfattende ejendomsbesiddelser i Tyskland, Danmark og Vestindien.
Efter Heinrich Carl Schimmelmanns død overtog hans søn, Ernst Heinrich Schimmelmann, Lindenborg. Ernst Heinrich Schimmelmann er at finde i historiebøgerne i forbindelse med stavnsbåndets ophævelse i 1788. Derudover var han landets finansminister og ledede statens pengesager, da statsbankerotten kom i 1813. Ernst Heinrich Schimmelmann døde barnløs, og Lindenborg blev derfor overtaget af brorsønnen Carl, der døde 2 år senere.
Carls søn Ernst overtog godset kun 13 år gammel. Han solgte en del gårde fra gennem sin ejertid fra 1833-1885. Derudover investerede han i godset Myhlenberg, der ejede dele af Rold Skov, som derved blev lagt ind under Lindenborg. I 1885 arvede hans søn, Carl, både Lindenborg og godset Ahrensburg i Nordtyskland. Godset i Nordtyskland havde været i slægtens eje siden 1759. Carl bosatte sig på Ahrensburg og besøgte kun Lindenborg i forbindelse med jagt.
Historisk har jagt og fiskeri altid været et væsentligt element i driften af godset og dets jorde. Det har derfor haft stor indflydelse på prioriteringen af aktiviteterne, som er gennemført i skov og på landbrugsarealerne de sidste 150 år. Dette har bl.a. medført, at der er bevaret meget betydelige naturværdier, som til stadighed passes, plejes og udvikles. Med denne respekt for det historiske islæt sætter Lindenborg Gods nogle fantastiske rammer for jagt og fiskeri den dag i dag.
Efter Carl Schimmelmanns død i 1922 blev Lindenborg overtaget af den næstældste søn, Heinrich Carl. Han blev det første medlem af familien Schimmelmann, som tog fast ophold på slottet. Han lod det i den forbindelse gennemrestaurere.
Efter at Heinrich Carl døde i 1971, blev godset af flere omgange overdraget til Lindenborg Gods A/S af Enkelensgrevinde Birthe Schimmelmann. Disse overdragelser omfattede dog ikke hovedbygningen og Lindenborg Avlsgaard. Familien Schimmelmann fortsatte som hovedaktionær. I 1978 etablerede Birthe Schimmelmann og hendes arvinger Den Schimmelmannske Fond. I den forbindelse blev hovedbygningerne overdraget. Fondens formål er at sikre slottets bevarelse med respekt for kulturværdierne, der ligger i stedet. Samtidig skal fonden sikre og underbygge det økonomiske grundlag i koncernen Lindenborg Gods A/S. I 1991 blev en traditionel koncernstruktur bygget op omkring virksomhederne under Lindenborg Gods A/S. Dette medførte, at selve driften af skoven blev overgivet til det nyetablerede datterselskab Lindenborg Skovselskab A/S. Udover at passe skoven havde virksomheden som formål at udvikle forretninger inden for andre områder i den grønne sektor. På samme tidspunkt blev Rold Trælasthandel A/S udskilt fra Rold Skov Savværk A/S som en selvstændig enhed. Hensigten var at udvikle yderligere handelsaktiviteter. I 1992 erhvervede Lindenborg Gods A/S anparterne i Lindenborg Avlsgaard.
I dag fremstår Lindenborg Gods A/S som en moderne koncern, der til stadighed arbejder på at udvikle sig inden for de enkelte forretningsområder.